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かけまくもかしこき日不見の神よ。
遠つ御祖の産土よ。
久しく拝領つかまつったこの山河。
かしこみかしこみ謹んで、お返し申す。

の「日不見の神」をモグラの神として、ミミズを倒してくれる存在に呼びかけている祝詞とする解釈を偶に見かけるけど、文脈的に明らかに「日不見の神」はミミズのことだ。作中に登場する古文書でも「日不見の神」は明らかにミミズのことを指している。
何よりも新海監督は種々のインタビューやティーチインで「日不見の神」とはミミズのことだと明言している。新海誠本2によれば「遠つ御祖の産土」もミミズだ。

現在「ヒミズ」という種名が付いているモグラの一種は確かに存在し、古語でも「ひみず」はモグラを指す場合が多いが、ミミズを指す場合もある。