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宮崎監督は現代に限らず人間が幾度も森林を破壊してきたこと、その度に緑は戻ったが植生は変化したこと、そうして自然を改変して生きてきた人間の罪とそうやって周囲の人々の暮らしを良くしようとした人間の夢の両方に言及している。映画最後のアシタカとサンの会話には人と自然の関わりの難しさがほのめかされている。
そういうこともわからずに、山が緑になりさえすればいいと思ってる人間は中国のペンキ山でも見習ってればいいんだ。あれは一度や二度のことじゃないし、2019年っていうそれなりに最近にさえあった。

内部構造が理解できない人間はどうせ上っ面しか見ない。